Entrambi terminati e dati alle stampe durante gli anni del pontificato di papa Giovanni Paolo II, la decisione di esaminarli fu presa dall'ex Sant'Uffizio nel 2001 quando a dirigere la Congregazione era l'allora cardinale Joseph Ratzinger. Sei anni di riflessione per arrivare ad una «puntualizzazione» che suona come una condanna: «Opere contrarie alla dottrina cattolica», è la lapidaria conclusione a cui sono giunti i membri dell'ex Sant'Uffizio. Con conseguente Notificazione, naturalmente, ufficiale già diffusa dalla sala stampa della Santa Sede. E con l'ovvia approvazione del Papa regnante.

Si tratta del primo provvedimento del genere della Congregazione (l'ex Sant'Uffizio) da quando è papa Benedetto XVI. Fra le affermazioni di Sobrino giudicate pericolose ci sarebbero quelle che mettono in dubbio punti cruciali della fede, come la divinità di Gesù Cristo, l'incarnazione del Figlio di Dio, la relazione di Gesù con il regno di Dio, la sua autocoscienza e il valore salvifico della sua morte. Secondo la Santa Sede, Sobrino avrebbe valorizzato troppo la componente storica della figura di Gesù separandola dalla sua dimensione divina.

Come ribadisce il direttore della sala stampa vaticana, padre Federico Lombardi: «Sobrino è uomo che ha vissuto da vicino l'esperienza drammatica del suo popolo, per questo ha teso a sviluppare una "cristologia dal basso" e ha coltivato una sintonia spirituale profonda con l'umanità di Cristo», ha osservato riguardo alla notificazione. «Tuttavia l'insistenza di Sobrino sulla solidarietà fra Cristo e l'uomo non deve essere portata al punto da lasciare in ombra o sottovalutare la dimensione che unisce Cristo a Dio».

Con l'altolà agli scritti di Sobrino, la Chiesa cattolica cerca d'intervenire per limitare la diffusione della dottrina della Liberazione in Sud America. Ad ammetterlo è la sala stampa del Vaticano come si può leggere in una «nota esplicativa» allegata alla Notificazione: «Fra l'altro - vi è scritto - in considerazione della grande diffusione che, soprattutto in America Latina, hanno avuto le opere del padre Jon Sobrino», si ripete la posizione della Chiesa riguardo alla «complessa problematica» della povertà, miseria e ingiustizia e di più inique disuguaglianze e le oppressioni di ogni sorta, che colpiscono oggi milioni di uomini e di donne, e sono in aperta contraddizione con il Vangelo di Cristo e non possono lasciar tranquilla la coscienza di nessun cristiano». E pur tuttavia, continua il comunicato, la dottrina della fede chiarisce che la «opzione preferenziale per i poveri della Chiesa non è una opzione esclusiva e la Chiesa non può esprimersi a sostegno di categorie sociologiche e ideologiche riduttrici, che farebbero di tale preferenza una scelta faziosa e di natura conflittuale».

La chiusura con quello che si sta diffondendo, soprattutto in America Latina, come un credo percepito più in sintonia con gli ideali evangelici è dunque totale. Come ribadisce la nota stessa che termina con un giudizio lapidario: «Le due opere di Jon Sobrino presentano, in alcuni passi, notevoli divergenze con la Fede della Chiesa». La Congregazione, fino a oggi, non commina alcuna sanzione al teologo latinoamericano e si limita a mettere in guardia i pastori e i fedeli dai problemi suscitati da alcuni punti dei suoi due libri. Ciò non toglie che altre autorità, per esempio un vescovo, possano da oggi decidere che il teologo non possa insegnare o tenere conferenze nella diocesi.

Attualmente Sobrino insegna nella università del Centroamerica di El Salvador, la stessa dove nell'89 furono assassinati sei gesuiti dagli squadroni della morte (Sobrino scampò perché si trovava in Tailandia per un corso).